1.  Bung bùn
Nguyên nhân:
–    Những vi sinh vật sợi bành trướng khỏi bông bùn, chỉ số SVI > 100
–    DO thấp, pH thấp( pH < 6) nên ức chế vi khuẩn hình thành bông bùn, tạo điều kiện thuận lợi cho vi sinh dạng sợi phát triển.
–    Chất dinh dưỡng không cân bằng

Cách khắc phục: 
–    Điều chỉnh cân bằng chất dinh dưỡng để tỷ lệ BOD so với chất dinh dưỡng đạt tỉ lệ BOD: N  không hơn 100:5:1
–    Thêm 10- 50 mg/l clo hoặc 50-200 mg/l hydrogen peroxide cho đến khi SVI xuống dưới 150
–    Tăng tỷ lệ tuần hoàn bùn
–    Nâng DO trong bể hiếu khí lớn hơn 1mg/l
–    Kiểm tra giá trị pH (phải lớn hơn 7)

2. Lên bùn
Nguyên nhân: Việc khử nitrate quá mức làm thiếu oxy, dân đến tình trạng kị khí trong bể lắng sinh học tạo ra những bóng khí nitơ bám dính với những bông bùn hoạt tính và nổi lên trên bề mặt bể lắng.

Cách khắc phục: 
–    Kiểm tra nồng độ nitrate trong nước thải đầu vào của bể lắng.
+    Tăng tỷ lệ bùn tuần hoàn
+    Tăng DO trong bể hiếu khí

3. Bọt và váng
Nguyên nhân: Nước thải chứa nhiều chất hoạt động bề mặt
Cách khắc phục:  
–    Kiểm tra hệ thống tuần hoàn bùn
–    Tắt sục khí bể vi sinh hiếu khí và máy khuấy tại bể vi sinh thiếu khí
4. Bùn mịn, lắng chậm, nước thải sau 30 phút có màu vàng
Nguyên nhân: 
Bùn vi sinh hoạt tính (bùn mịn) do vi sinh vật thiếu thức ăn (chất hữu cơ). Vi sinh vật thiếu thức ăn nên bùn vi sinh không phát triển, bùn rất mịn.
Cách khắc phục:
Tăng tải lượng (lượng thức ăn) cho vi sinh vật bằng cách:
Tăng lưu lượng nước cần xử lý, điều chỉnh lưu lượng vào bể vi sinh đều (đảm bảo lúc nào cũng có nước vào bể vi sinh)
Bổ sung thêm các chất hữu cơ tự nhiên cho vi sinh vật phát triển (mật rỉ, cám gạo,…)